Da es sich bei den Pflanzen nur um GVO handelt, schaden sie der Umwelt nicht. Es hat sich gezeigt, dass einige landwirtschaftliche Praktiken der Umwelt schaden, beispielsweise der übermäßige Einsatz von Herbiziden, der zu einer übermäßigen Entfernung von Wildpflanzen von Ackerland führt. Diese Probleme sind für nicht-GV- und Nicht-GV-Pflanzen ähnlich.

Eine zwischen 1999 und 2006 im Vereinigten Königreich durchgeführte groß angelegte Bewertung herbizidtoleranter gv-Pflanzen zeigte eine verringerte Insektenbiodiversität, wenn die Unkrautbekämpfung besonders effektiv war. Es spielte keine Rolle, ob es sich bei der Kultur um GVO handelte – der wichtige Faktor war, wie viel Unkraut in der Kultur verblieb. Schäden an Wildtieren können reduziert werden, wenn eine kleine Menge Ackerland für die Biodiversität reserviert wird.

Ein damit verbundenes Problem ist das Problem, dass Unkräuter aufgrund des übermäßigen Einsatzes dieser Herbizide resistent gegen Herbizide werden. GV- oder nicht-GV-Herbizid-tolerante Nutzpflanzen können dieses Problem verursachen, da wiederholtes Wachstum derselben herbizid-toleranten Nutzpflanze die wiederholte Verwendung desselben Herbizids erfordert. Eine Lösung ist der Wechsel von Pflanzen, die gegen verschiedene Herbizide resistent sind, oder der Wechsel des Herbizideinsatzes unter Verwendung anderer Unkrautbekämpfungsstrategien.

Die Verwendung von insektenresistenten gv-Pflanzen hat durch die Einführung des Bt-Toxin-Gens Vorteile für die Umwelt. Beispielsweise hat gentechnisch veränderte insektenresistente Baumwolle den Einsatz umweltschädlicherer Insektizide erheblich reduziert, was zu Umwelt- und Gesundheitsvorteilen für Baumwollbauern geführt hat. 

Schäden an Wildtieren können reduziert werden, wenn eine kleine Menge Ackerland für die Biodiversität reserviert wird. Schädlinge können jedoch wie herbizidresistente Unkräuter Resistenzen gegen Insektizide entwickeln, unabhängig davon, ob sie von der GD in der Kultur selbst produziert oder auf die Kultur gesprüht werden. Dieses Problem tritt weniger häufig auf, wenn Rotationen verschiedener Insektenbekämpfungsverfahren verwendet werden.

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