Ein weiteres Problem, das durch den Verzehr gentechnisch veränderter Lebensmittel entsteht, sind Allergien. Manche Menschen befürchten, dass GVO-Lebensmittel das Potenzial haben, allergische Reaktionen auszulösen. Denn den Aussagen zufolge können gentechnisch veränderte Lebensmittel Gene eines Allergens enthalten.

Andererseits gibt es Bedenken, dass genetische Veränderungen, die die Widerstandsfähigkeit einer Pflanze gegen Krankheiten erhöhen oder sie toleranter gegenüber Herbiziden machen, die Abwehrkräfte des Menschen gegen bestimmte Krankheiten beeinträchtigen könnten. Einige GVO-Pflanzen enthalten Gene, die sie gegen bestimmte Antibiotika resistent machen. In diesem Fall besteht die Sorge, dass Antibiotikaresistenzen auf den Menschen übertragen werden könnten.

Soja ist ein allergenes Lebensmittel. Laut Wissenschaftlern sind Menschen, die keine Allergie gegen Lebensmittel aus konventionell angebautem Soja haben, jedoch auch nicht allergisch gegen Lebensmittel, die mit GVO-Soja hergestellt wurden. Biogenetiker führen Tests durch, um sicherzustellen, dass Allergene nicht von einem Lebensmittel auf ein anderes übertragen werden. Forschungsergebnisse zeigen, dass gentechnisch veränderte Lebensmittel nicht häufiger Allergien auslösen als gentechnikfreie Lebensmittel.

Da Gene zwischen Pflanzen übertragen werden, besteht die Sorge, dass allergene Proteine ​​an unerwarteten Stellen auftauchen. Es werden sehr anspruchsvolle Tests durchgeführt, um das Auftreten dieser Art von Fehlern zu verhindern. Aber das Hinzufügen neuer Gene zum Genom eines Samens ist immer riskant. denn es ist nicht einfach, alle Ergebnisse vorherzusagen. Es besteht immer die Möglichkeit, dass beim Gentransfer neue Allergene entstehen. Doch trotz der potenziellen gesundheitlichen Auswirkungen kommt jedes Jahr eine große Anzahl gentechnisch veränderter Pflanzen auf den Markt.