GDO’lu gıda maddeleri tüketmenin yarattığı bir endişe de alerjidir. Bazı insanlar GDO’lu gıdaların, alerjik reaksiyonları tetikleme potansiyeline sahip olduğundan endişe duymaktadır. Çünkü yapılan açıklamalara göre GDO’lu gıdalar, bir alerjenden gelen genleri içerebiliyor.

Diğer taraftan, bir bitkinin hastalıklara olan direncini arttıran veya onu herbisitlere karşı daha toleranslı hale getiren genetik modifikasyonun, insanların, bazı hastalıklara karşı savunma güçlerini olumsuz etkilemesi endişesi de duyulmaktadır. Bazı GDO’lu bitkiler, onları belli antibiyotiklere karşı dirençli yapan genler içermektedir. Bu durumda antibiyotik direncinin insanlara geçebileceğinden endişe edilmektedir.

Soya alerjenik bir besindir. Ancak bilim adamlarına göre, geneleksel yöntemlerle yetiştirilen soya ile yapılan yiyeceklere karşı bir alerjisi olmayan insanların, GDO’lu soya ile yapılan yiyeceklere de alerjisi olmaz. Biyogenetik mühendisleri, alerjenlerin bir gıdadan diğerine aktarılmadığından emin olmak için testler yapmaktadır. Araştırma sonuçları, GDO’lu gıdaların, GDO’lu olmayan gıdalara göre alerjiye neden olma olasılığının daha yüksek olmadığını göstermektedir.

Genler bitkiler arasında aktarılırken, alerjenik proteinlerin beklenmedik yerlerde ortaya çıkacağından endişe duyulmaktadır. Bu tür bir hatanın olmasını önlemek için çok karmaşık testler yapılmaktadır. Ancak bir tohumun genomuna yeni genler eklemek her zaman risklidir, çünkü tüm sonuçları tahmin etmek kolay değildir. Gen aktarımında yepyeni alerjenler yaratma ihtiamli her zaman olmaktadır. Yine de potansiyel sağlık etkilerine rağmen, her yıl çok sayıda genetiği değiştirilmiş bir ürün piyasaya çıkmaktadır.